En 2004, le Boxster a atteint une maturité qui permet de lancer une série spéciale Anniversaire commémorant les 50 ans du Porsche Spyder 550. Mécaniquement, l'usine annonce 6 ch supplémentaires mais sans préciser les modifications apportées. Les trains roulants sont également revus avec un élargissement des voies de 5 mm, et des jantes de 18 pouces assorties à la carrosserie. L'option châssis sport est d'ailleurs montée de série. Extérieurement, le Boxster S Anniversaire se distingue par de nombreux écussons et logos spécifiques, une peinture gris argent Carrera GT et une capote couleur Cocoa. L'habitacle profite également de son lot de personnalisation avec la teinte Cocoa qui est reprise sur divers éléments dont la sellerie cuir. Le saute-vent, la climatisation, la radio CD avec pack audio digital et les sièges sport chauffants sont montés de série.